Halofantrine có thể gây đau bụng, tiêu chảy, nôn mửa, phát ban, nhức đầu, ngứa và tăng men gan.

Nó có thể được liên kết với độc tính trên tim.[4] Tác dụng phụ nguy hiểm nhất là rối loạn nhịp tim: halofantrine gây ra QT kéo dài đáng kể,[5] và tác dụng này được nhìn thấy ngay cả ở liều tiêu chuẩn. Do đó, thuốc không nên được dùng cho bệnh nhân bị khiếm khuyết dẫn truyền tim và không nên kết hợp với mefloquine. Một cuộc khảo sát từ năm 2009 cho thấy thuốc an toàn khi được sử dụng đúng cách.[6]